L’avvento al potere del fascismo nel 1922 e l’instaurazione del regime rendono l’Università di Cagliari uno strumento della politica culturale e ideologica di Benito Mussolini. 

In quest’ambito è essenziale l’applicazione della riforma Gentile nell’Ateneo, inserito tra le cosiddette università di serie “A” dotate, attraverso i finanziamenti ministeriali, delle quattro facoltà principali dell’ordinamento universitario italiano (Giurisprudenza, Lettere e filosofia, Medicina e chirurgia e Scienze matematiche, fisiche e naturali). 

Il nuovo Statuto, approvato il 14 ottobre 1926, detta la linea di indirizzo capace di garantire la piena funzionalità dell’ateneo in base alla riforma Gentile, prevedendo due lauree distinte in Lettere e filosofia della durata di quattro anni e regolamentando la funzionalità delle Facoltà di Giurisprudenza, Medicina e chirurgia, Lettere e filosofia, Scienze matematiche, fisiche e naturali e la Scuola di farmacia; in quest'occasione nascono a Cagliari i corsi di laurea in Matematica e in Fisica.

Il totalitarismo fascista investe l’Ateneo con le sue politiche brutali in particolare in occasione dell’applicazione delle leggi razziali del 1938, che vedono l’allontanamento di tre docenti di origini ebraiche: Camillo Viterbo, Teodoro Levi e Alberto Pincherle. 

L’ingresso dell’Italia nella Seconda guerra mondiale nel giugno del 1940 conduce il Paese in una tragedia che investe anche il mondo dell’università. I drammatici bombardamenti del 1943 che distruggono Cagliari colpiscono pesantemente l’ateneo e anche i docenti, gli amministrativi e gli studenti sono costretti a spostarsi dalla città nelle zone dello sfollamento.